En 1755, de retour en Corse, Paoli prend la tête de l’insurrection contre la république de Gênes. Les 14 et 15 juillet, il est élu général de la Nation corse. L’indépendance de l’île est proclamée dès le mois de novembre et la Corse devient le premier État démocratique de l’Europe des Lumières. Sa constitution, qui affirme la souveraineté du peuple et l’égalité devant la loi, fait de l’île un laboratoire politique en avance sur son temps.
« Il est encore en Europe un pays capable de législation : c’est l’île de Corse. La valeur et la constance avec laquelle ce brave peuple a su recouvrer et défendre sa liberté, mériterait bien que quelque homme sage lui apprît à la conserver. J’ai quelque pressentiment qu’un jour cette île étonnera l’Europe. » – Jean-Jacques Rousseau, Du contrat social (1762)
Pendant quatorze ans, Paoli et son gouvernement s’attellent à bâtir une nation : il met en place des institutions modernes, frappe une monnaie, crée une flotte, une armée nationale et fonde l’Université de Corse à Corte, en 1765, , témoignant de son engagement envers l’éducation et la culture.
« Studià hè libertà » – étudier c’est la liberté – dit-il.
Son combat pour l’indépendance inspire bien au-delà de l’île, non seulement les Insurgents américains, mais également d’autres mouvements révolutionnaires à travers l’Europe. La constitution corse de 1755 influence les pères fondateurs des États-Unis. Des figures emblématiques telles que Benjamin Franklin, Thomas Jefferson, Jean-Jacques Rousseau saluent ses idées. Ainsi, Paoli est une figure majeure du siècle des Lumières, dont les principes ont nourri les révolutions du XVIIIe siècle.