Nel 1755, tornato in Corsica, Paoli assunse la guida della rivolta contro la Repubblica di Genova. Il 14 e il 15 luglio fu eletto generale della Nazione corsa. L’indipendenza dell’isola viene proclamata già nel mese di novembre e la Corsica diventa il primo Stato democratico dell’Europa dell’Illuminismo. La sua costituzione, che afferma la sovranità del popolo e l’uguaglianza davanti alla legge, fa dell’isola un laboratorio politico in anticipo sui tempi.
«C’è ancora in Europa un paese capace di legiferare: è l’isola di Corsica. Il valore e la costanza con cui questo coraggioso popolo ha saputo riconquistare e difendere la propria libertà meriterebbero che qualche uomo saggio gli insegnasse a conservarla. Ho il presentimento che un giorno quest’isola stupirà l’Europa.» – Jean-Jacques Rousseau, Il contratto sociale (1762)
Per quattordici anni, Paoli e il suo governo si dedicarono alla costruzione di una nazione: istituì strutture moderne, coniò una moneta, creò una flotta e un esercito nazionale e fondò l’Università di Corsica a Corte, nel 1765, a testimonianza del suo impegno nei confronti dell’istruzione e della cultura.
«Studià hè libertà » – studiare è libertà – diceva.
La sua lotta per l’indipendenza ispira ben oltre i confini dell’isola, non solo gli insorti americani, ma anche altri movimenti rivoluzionari in tutta Europa. La costituzione corsa del 1755 influenzò i padri fondatori degli Stati Uniti. Figure emblematiche come Benjamin Franklin, Thomas Jefferson e Jean-Jacques Rousseau ne lodarono le idee. Paoli fu quindi una figura di spicco dell’Illuminismo, i cui principi alimentarono le rivoluzioni del XVIII secolo.